На диагностическом этапе гастроэнтерология в Германии обязательно включает в себя исследование при помощи эндоскопа таких органов ЖКТ, как: пищевод, желудок, толстая кишка, двенадцатиперстная кишка, прямая кишка, желчные протоки, поджелудочная железа. Такого рода обследования часто используются в целях терапии. Например, процедура гастроскопии подразумевает введение через рот и пищевод очень тонкого и гибкого эндоскопа со встроенной в него видеокамерой в желудочную полость, а затем в двенадцатиперстную кишку. В гастроэнтерологии Германии этот метод диагностики почти всегда выполняется под легкой анестезией.

В Германии во время гастроскопии, в дополнение к диагностике двенадцатиперстной кишки и желудка, немецкие специалисты проводят биопсию для теста на гистологию и определения наличия хеликобактерной инфекции. 

Во время процедуры гастроскопии возможно остановить кровотечение, вызванное опухолями или язвами (используя фибриновые наклейки, аргонный бимер, инъекции или металлические скобы), удалить посторонние тела, полипы, а также произвести растяжение пищевода при его сужениях – бужирование либо баллонную дилатацию.