На диагностическом этапе гастроэнтерология в Германии обязательно включает в себя исследование при помощи эндоскопа таких органов ЖКТ, как: пищевод, желудок, толстая кишка, двенадцатиперстная кишка, прямая кишка, желчные протоки, поджелудочная железа. Такого рода обследования часто используются в целях терапии.